Türkiye tarihi, coğrafi, siyasi ve ekonomik derinliği ve tecrübesiyle asırlardan beri yakın ve uzak coğrafyalarla kurduğu uzun soluklu ilişkiler 21. yüzyılın eşiğinde farklı bir dönemece girmiştir. Bu nedenle İmparatorluk coğrafyasının dağılmasından günümüze kadar siyasette, dış politikada, hukukta, eğitimde, güvenlikte yürüdüğü yolun anlamlandırılması ve gelecek projeksiyonlarının bilgi temelli ortaya konulması bir zorunluluk haline gelmiştir.
HESAM, başta ekonomi, dış politika ve sosyal konularda tarihi misyonuna bağlı, milletimizin değerlerini yansıtan analizler ortaya koyma sorumluluğunda uluslararası bir düşünce kuruluşu olarak çalışmalarını yürütür. Ulusal ve uluslararası sahada Türkiye’yi doğru konumlandırarak ortak bir akıl ve bilgi çerçevesinde bilimsel yayınlar ve toplantılarla karar alıcılara kamu politikalarının yapım sürecinde katkı sağlamayı amaçlar. Üretilen bilimsel yayınlar ve toplantıların sonucunu kamuoyu ile paylaşarak farklı toplum kesimlerinin objektif ve tarafsız bir şekilde bilgilenmesini sağlar. Bahsedilen faaliyetlerin sağlıklı bir şekilde yapılabilmesi için farklı disiplinlerin bakış açısını çok boyutlu bir şekilde sorunların çözümüne yönlendirmek temel hedeflerindendir.
Türkiye’nin genişleyen vizyonunu sağlıklı bir zemine oturtmak amacıyla genç araştırmacılar yetiştirmeyi, eğitimler düzenlemeyi de hedefleyen HESAM, Türkiye’nin ihtiyaç duyduğu nitelikli insan gücüne de katkı sunmaktadır. HESAM; adaletin, hukukun, refahın ve değerlerin hakim olduğu bir Türkiye’nin inşası için fikri bir temelin gayesini gütmektedir. HESAM sahip olduğu akademik bilgi birikimi ile ülkemizin maddi ve manevi kalkınmasına katkı sağlamak, akabinde bütün insanlığın refahını sağlamak konusunda önemli bir misyona sahiptir.